Нет, обязанность по ведению раздельного учета «входного» НДС отменена для налогоплательщиков УСН, применяющих пониженные ставки 5% или 7%, поскольку они не вправе принимать этот налог к вычету. Однако помните, что раздельный учет НДС по операциям, облагаемым и освобождаемым от налогообложения (согласно ст. 149 НК РФ), по-прежнему необходим для корректного заполнения раздела 7 декларации по НДС.
Рекомендую настроить автоматическую маркировку таких операций в бухгалтерском ПО, чтобы избежать ошибок в отчетности